ca y est j'ai reussi à regler mon probleme, c'était bien une histoire de calloc on dirait

/**
*renvoie un string de la forme "num=\"0n\"" ou nh est le numero de la zone
* @param nomFicJourn: le nom du fichier journal
* @return un string de la forme "num=\"0n\"" ou nh est le numero de la zone
*/
int nomJournalToNumZone(char *nomFicJourn){
	printf("nomFicJournal %s\n",nomFicJourn);
	fflush(stdout);
	
	int i = 0, cptNumJourn = 5;
	char *positioneurDeb, *positioneurFin, *copieFicJourn;

	if (strstr(nomFicJourn,PREFIX_FIC_JOURN) != NULL && strstr(nomFicJourn,SEPARATEUR_FIC_JOURN) != NULL){
		positioneurDeb = strstr(nomFicJourn,PREFIX_FIC_JOURN)+sizeof(char);  // on se place apres le prefix
		positioneurFin = strstr(nomFicJourn,SEPARATEUR_FIC_JOURN);  // on se place sur le separateur "-"

		while (i < positioneurFin - positioneurDeb){
			numJournal[cptNumJourn + i] = *(positioneurDeb + i);
			i++;
		}
	}
	printf("%s \n", numJournal);
	fflush(stdout);
	return 0;
}

et l'appel de la fonction

numJournal = calloc(9, sizeof(char));
	numJournal[0] = 'n';
	numJournal[1] = 'u';
	numJournal[2] = 'm';
	numJournal[3] = '=';
	numJournal[4] = '\"';
	numJournal[5] = '0';
	numJournal[6] = '0';
	numJournal[7] = '\"';
	numJournal[8] = '\0';

	nomJournalToNumZone(nomFicJournal);

ca fait beaucoup de lignes pour pas grand chose mais ca a l'air de marcher.

Avant ca, j'avais fait:

numJournal="num=\"00\"";
nomJournalToNumZone(nomFicJournal);

tu as l'air de coder pour Linux/Gygwin