Salut,
Il est normal que le javascript ne s'exécute pas, tout ce que tu dis au navigateur c'est d'insérer la réponse venu du serveur à l'interieur d'une balise HTML donné (un div ?).
Ce que tu dois faire, c'est de récupérer cette réponse serveur, de repérer ton code javascript et demander au navigateur de l'exécuter avec la fonction eval qui prend en paramètre une chaine de caractère correspondant à un code javascript.

PS : si tu utilises ExtJS pour faire de l'AJAX, tu peux indiquer dans les paramètres de la requête (scripts : true), ExtJS se chargera de détecter le javascript dans la réponse serveur et l'exécutera pour toi.