Effectivement, je ne sais pas trop comment se comporte la JVM quand PHP est utilisé pour l'exécuter.

Je viens d'essayer en précisant le classpath vers le jar de l'API JDOM dans le ligne de commande et le résultat est le même.

Mais en même temps le fait que l'utilisateur sur lequel tourne Apache puisse exécuter sans problème le programme JAVA en mode console me fait penser que le problème vient pas de là forcément mais bon je suis pas sur non plus.