Quote:
En espérant que tu auras le temps de jeter un coup d'oeil...
Je dois dire que je n'ai pas vraiment le temps, mais poussé par la curiosité j'ai regardé quand même ;)
J'ai écrit un bout de code qui récupère un fichier de 5.11 Mo de données comme prévu. Au début on a
Quote:
LOCUS NC_004556 2519802 bp DNA circular BCT 03-APR-2006
DEFINITION Xylella fastidiosa Temecula1, complete genome.
ACCESSION NC_004556
VERSION NC_004556.1 GI:28197945
PROJECT GenomeProject:285
et à la fin
Quote:
2519701 gataagtacg cttggtggcc atcggtcctc tattaagcta tctatgtaaa actaaagagg
2519761 cacctattct acaagaattg ctccaatcgt tgtcaaggag ga
//
Comme je ne savais pas à l'avance que c'était un fichier texte, le code que j'ai écrit lit à les octets par paquets de 1024, comme si c'était du binaire.
Du coup je me suis dit que peut être le stream que tu utilises perd les pédales à cause d'un caractère spécial ou je ne sais quoi.
Bref toujours est-il que je n'ai pas vu le moindre problème avec cette requête et le code ci-cessous:
import java.io.*;
import java.net.*;
public class SequencesReader {
public SequencesReader() {
}
public static void main(String[] args) throws IOException, UnknownHostException {
String fullpath = "c:" + File.separator + "temp" + File.separator + "sequences.gp";
File file = new File(fullpath);
InetSocketAddress isa = new InetSocketAddress("eutils.ncbi.nlm.nih.gov", 80);
Socket s = new Socket();
s.connect(isa);
InputStream is = s.getInputStream();
DataOutputStream out = new DataOutputStream(s.getOutputStream());
out.writeBytes("GET http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=NC_004556.1&rettype=gb HTTP/1.0\r\n\r\n");
byte[] buffer = new byte[1024];
int nb;
FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file, false);
while(true) {
nb = is.read(buffer);
if(nb == -1)
break;
fos.write(buffer, 0, nb);
}
s.close();
fos.close();
}
}
En espérant que ce bout de code (Windows: attention au nom de fichier) te tire d'embarras.
Je dois dire que je n'ai pas vraiment le temps, mais poussé par la curiosité j'ai regardé quand même ;)
J'ai écrit un bout de code qui récupère un fichier de 5.11 Mo de données comme prévu. Au début on a
et à la fin
Comme je ne savais pas à l'avance que c'était un fichier texte, le code que j'ai écrit lit à les octets par paquets de 1024, comme si c'était du binaire.
Du coup je me suis dit que peut être le stream que tu utilises perd les pédales à cause d'un caractère spécial ou je ne sais quoi.
Bref toujours est-il que je n'ai pas vu le moindre problème avec cette requête et le code ci-cessous:
import java.io.*; import java.net.*; public class SequencesReader { public SequencesReader() { } public static void main(String[] args) throws IOException, UnknownHostException { String fullpath = "c:" + File.separator + "temp" + File.separator + "sequences.gp"; File file = new File(fullpath); InetSocketAddress isa = new InetSocketAddress("eutils.ncbi.nlm.nih.gov", 80); Socket s = new Socket(); s.connect(isa); InputStream is = s.getInputStream(); DataOutputStream out = new DataOutputStream(s.getOutputStream()); out.writeBytes("GET http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=NC_004556.1&rettype=gb HTTP/1.0\r\n\r\n"); byte[] buffer = new byte[1024]; int nb; FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file, false); while(true) { nb = is.read(buffer); if(nb == -1) break; fos.write(buffer, 0, nb); } s.close(); fos.close(); } }En espérant que ce bout de code (Windows: attention au nom de fichier) te tire d'embarras.