Ventre Saint Quenêt! J'étais loin d'avoir compris la question comme ça.
Bon alors c'est tout simple, mais alors vraiment tout simple. Pour qu'un programme Windows (Windows = fenêtre :) )soit invisible, il suffit qu'il n'ouvre pas de fenêtre :)

Tu peux aussi en faire un service, mais c'est plus compliqué. Faut voir si tu en as le besoin.