Je n'ai jamais utilisé JLex et CUP donc je ne peux pas beaucoup t'aider.
Mais je demande si tu n'utilises pas un outil trop lourd pour ce que tu veux faire.
Est-ce que tu connais JEP ?
http://www.singularsys.com/jep/

Peut être que ça ferait ton affaire.
Il y a quelqu'un sur ce forum qui l'a utilisé récemment et qui semble satisfait avec.
Le quelqu'un c'est wiss20000