Normalement ça ne devrait pas se produire je pense.
Tel que tu décris, on dirait que les tick des timers ne sont pas traités par ta procédure de fenêtre. Concrètement en MFC cela peut vouloir dire que tes timers n'ont pas été initialisés correctement et/ou au bon endroit
Tu dois normalement appeler SetTimer (alias CWnd::SetTimer) dans la portée de ta CView, avec NULL en troisième paramètre pour que la procédure de fenêtre par défaut de la CView soit utilisée. Et ton code qui répond au timer, tu dois le mettre dans la méthode OnTimer de ta CView
Moyennant quoi, l'effet que tu décris ne devait plus se produire