Servi par:
un serveur http ?
un serveur ftp ?
un autre type de serveur ?
Pas servi du tout par un serveur et tu dois le récupérer en connexion ssh ?

Voilà ce qu'il faut que tu dises et après on t'aidera avec plaisir.
On a bien compris que le fichier est dans un Linux mais ça ne suffit pas pour savoir ce qu'il convient de faire dans ton cas.

En plus, de toutes façons et dans tous les cas, le .bat en tant que tel n'est pas un problème. Et même, sachant que tu développe une appli en Java, je me demande bien qu'est-ce qui t'a mis cette idée de .bat dans la tête. Si ça se trouve ce n'est même pas du tout ce qu'il te faut

Bref que dois tu fais *exactement* et dans quel contexte sur ton poste comme tu dis *ET* sur le serveur.