Il manque des précisions. Ton chronomètre est-il dans une Thread ? C'est ce qu'il semble. Et ce que tu veux c'est arrêter la Thread sans stopper l'application, c'est ça ?

Le problème c'est que System.exit(0); ferme la machine virtuelle. Il faut donc ne stopper que la Thread. Tu peux faire un stop() dessus mais c'est déconseillé pour des raisons de stabilité.
Le mieux est de laisser la méthode run() de ta Thread arriver au bout, je crois ?