Bon je crois avoir compris ce que tu voulais
donc j'ai cherché du cotéde la commande qui te
permet de réaliser cela.

Elle n'est pas parfaite en tout point puisque le format
du fichier texte généré n'est pas tt a fait le même

Primo sur ton cmd tu éxécutes :
cscript //h:cscript //s
cette permettra d'éxécuter le script ui se chargera
de l'affaire.

Je te fournis le code java qui va avec, bon j'avoue j'ai fait
un peu mumuse:)

import java.io.*;
import java.util.regex.*;

public class GestEvt
{
	public static void main(String[] args)
	{
		try
		{
			BufferedReader bufferedReaderForInput = null;
			String InputChoice;			
			
			System.out.println("Veuillez choisir le type de fichier à sélectionner :");
			System.out.println("1 : System");
			System.out.println("2 : Application");
			System.out.println("3 : Security");
			bufferedReaderForInput = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
						
			while(!(InputChoice = bufferedReaderForInput.readLine()).matches("([1]|[2]|[3])"))
			{
				System.out.println("Veuillez choisir le type de fichier à sélectionner :");
				System.out.println("1 : System");
				System.out.println("2 : Application");
				System.out.println("3 : Security");
				bufferedReaderForInput = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
			}
			
			String cmdLine = "";
			
			if (InputChoice.equals("1"))
				cmdLine = "cmd.exe /c eventquery.vbs /fo CSV /l system";
			if (InputChoice.equals("2"))
				cmdLine = "cmd.exe /c eventquery.vbs /fo CSV /l application";
			if (InputChoice.equals("3"))
				cmdLine = "cmd.exe /c eventquery.vbs /fo CSV /l security";
			
			Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
			Process proc = runtime.exec(cmdLine);
			
			InputStream inputstream = proc.getInputStream();
            InputStreamReader inputstreamreader = new InputStreamReader(inputstream);
            BufferedReader bufferedReaderForOutput = new BufferedReader(inputstreamreader);
			
            PrintWriter output =  new PrintWriter(new BufferedWriter(new FileWriter("titi.txt")));
					
			String outputLineEvt;
            while ((outputLineEvt = bufferedReaderForOutput.readLine()) != null)
			{
				//System.out.println(outputLineEvt);
				output.println(outputLineEvt);
			}
			
			output.close();
		}
		catch (Exception e)
		{
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

Bonne chance