Voici un morceau de code qui peut te permmettre d'effectuer
une commande.

Le soucis c'est que visiblement la JVM n'est pas capable d'aller
chercher les variables d'envrionnement system ce qui fait que
lorsque tu fais
runtime.exec("dir"); il pète une erreur.
Donc pour contourner tu lui donne le path complet
runtime.exec("C:\\WINDOWS\\.System32\dir.exe") s'il se trouve là:)

import java.io.*;

public class Cmd
{
	public static void main(String[] args)
	{
		try
		{
			Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
			Process proc = runtime.exec("C:\\WINDOWS\\explorer.exe");
		}
		catch (Exception e)
		{
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

Bonne chance