Es-tu sur que l'erreur n'est pas du fait que la ligne testé fait moins de 8 (ou 9 plutôt?) caractère ?
Car l'erreur indiquer semble venir d'un problème avec l'utilisation de la fonction substring.
Donc dabors tester si la longueur de la ligne testée est >= à la longueur de la chaine recherchée

while((ligne=br.readLine())!=null)
      {
         if(ligne.length()>=ARechercher.length())
         {
             if (ligne.substring(0,8).equals(ARechercher))
             {
              i++;
             }
         }
      } 

Bon y a sans doute plus propre mais ça devrait éviter de faire une erreur d'accès mémoire