Pour les spécificités de NetBeans je ne peux pas t'aider, je ne l'utilise pas.

En ce qui concerne la connexion d'un programme Java avec Mysql, voici quelques informations:

1- Préparer le contexte. Il te faut
- une base Mysql avec le nom du serveur, le nom de la base, le nom du user de la base et le password associé
-

2- Associer le jar au projet (ça c'est du NetBeans)

3- dans le code Java, se connecter au serveur:

     Connection connect;
      try
      {
          Class.forName("org.gjt.mm.mysql.Driver");
          connect = DriverManager.getConnection(
                  "jdbc:mysql://nom du serveur/nom de la base",
                  "nom du user", "mot de passe");
      }
      catch (Exception e)
      {
          e.printStackTrace();
      }

4- Ensuite on peut lancer des actions

        try
        {
            PreparedStatement stm = connect.prepareStatement(
                    "update " + table + " set " + column + "='" +
                    value + "' where " + colref + "=" + valref + ";");
            return stm.execute();
        }
        catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }

5- ou des querys

        try
        {
            PreparedStatement stm = connect.prepareStatement(
                    "select * from " + table + ";");
            ResultSet resset = stm.executeQuery();
        }
        catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }

Bon courage !