Bonjour,
Il manque un certain nombre d'information pour t'aider. Déjà, tu ne donne pas la classe StringBreaker, qui semble être en cause pour le découpage de ton fichier. De plus, tu ne donnes pas les sorties écrans, ce qui est également gênant.
La deuxième chose, c'est pour l'écriture de ton fichier. La méthode que tu utilise n'est pas présentée, mais à mon avis, ton système protège automatiquement le caractère # ce qui me semble assez normale pour un fichier properties.
Pourquoi tu n'utilise pas une fonction de lecture des fichiers de properties tels que :

Properties airportProps = new Properties();
FileInputStream fis = new FileInputStream(chemin+"airport-states.properties");
try {
  airportProps.load(fis);
} catch(...)