La version compilée contient :
1 dossier d'input avec Villes.txt et Routes.txt
1 le MyAtlas.jar
1 runMyAtlas.bat
1 setEnv.bat

Pour executer le jar il suffit donc de cliquer sur le runMyAtlas.bat.

Pour info, le runMyAtlas.bat à cette tete :

call setEnv.bat

@echo on

java -classpath %CLASSPATH% Program %1

et le setEnv.bat ressemble à ceci :

@echo off

SET CLASSPATH=.
SET CLASSPATH=%CLASSPATH%;.\input\

Si tu regardes attentivement tu verras que le classpath est donc setté
par les directives du setEnv.bat.

Conclusion : sous réserve que tout se passe bien tu n'as qu'a double cliquer sur le runMyAtlas.bat

Bonne chance,
Niroken