C'est que peut être on ne comprend pas bien ta question. Synchroniser de base de données MySQL ça se fait tout seul je crois. L'une est maître et l'autre esclave. Ce n'est pas bidirectionnel donc. C'est expliqué dans le doc.

Maintenant si tu dois faire une synchronisation bi-directionelle par programmation, il fait que tu en dises un peu plus. Selon comment tes tables sont structurées tu vas rencontrer certains problème et pas d'autres.
Par exemple s'il y a des index auto-incrémentés dans les tables, c'est un problème que ton programme va devoir gérer...