Sous réserve que j'ai bien compris la question: oui c'est normal
Le .bat ext exécuté par le système d'exploitation, même s'il est lancé depuis java. Il ignorera complètement toute policy java

Une autre solution ? qu'est-ce que vient faire le .bat dans l'affaire. Tu ne peux pas tout traiter en Java

Et éventuellement si tu peux essayer de clarifier ta question, je ne suis pas bien sûr d'avoir bien compris ce que tu veux faire exactement.