C'est bon j'ai trouvé. Alors, en fait, le but du jeu était de trouver le chemin du répertoire virtuel "Voisinage Réseau" géré par windows afin de l'ajouter en tant que répertoire root du fileSystemView du JFileChooser. Pour celà, j'utilise la classe ShellFolder de java.
Voilà le bout de code :

// récupère tous les répertoires particuliers de windows
File[] files = (File[])ShellFolder.get("fileChooserComboBoxFolders");
File root = null;

for (int i = 0; i < files.length; i++) {
       // NETWORK_NEIGHBOURHOOD = "::{208D2C60-3AEA-1069-A2D7-08002B30309D}" : c'est la valeur du répertoire dans la base de registre	
       if (files[i].getName().equals(NETWORK_NEIGHBOURHOOD))
       {
              root = files[i];
              break;
       }
}

Et voilà, il n'y a plus qu'à crée un JFileChooser avec ce fichier en tant que root et vous aurez un FileChooser qui ne vous permettra que d'accéder au favoris réseau et au voisinage réseau.