Il est sans doute intéressant d'essayer avec un autre serveur d'application, histoire de voir si le comportement est le même.

Tu as peut être un tout bête pb de port ou de pare-feu. MySQL est sur la même machine que le serveur d'application ? Quand tu accédais toi même à la BD c'était dans les mêmes conditions ?

Sinon j'ai trouvé ce lien. Si tu ne le connais pas déjà... Il y a un exemple de configuration de connexion avec MySQL. Ca t'aidera peut être un petit peu.