Le problème est solutionné :

En fait j'utilisais la version 4.0.2 de java-gnome récupéré sur le serveur ftp de Gnome (j'ai récupéré le premier dans la liste, alors que le plus récent est le dernier de la liste).

Il faut donc téléchargé la version 4.0.10 de java-gnome en date de sortie du 09/03/2009.
La version récente corrigeait le bogue lié à la non prise en compte du soit du compilateur gcc, ou du fichier d'en-tête jni conjointement.

Merci encore à tous et à toutes, et désolé.
Sophonie.